Гепатит генотипы распределение

Гепатит генотипы распределение

Frequency distribution of HCV genotypes among chronic hepatitis C patients of Khyber Pakhtunkhwa
Источник: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3113302/

Частота генотипов вируса гепатита C (HCV) важна для прогнозирования реакции на терапию и продолжительности лечения. Несмотря на то, что у пациентов с терапией на основе интерферона (ИФН) наблюдались разные частоты ответа, в Хайбер-Пахтунхва (КПК) наблюдалась нехватка данных о частоте генотипов HCV.

В общей сложности 200 образцов крови были собраны у пациентов с хроническим HCV до начала антивирусной терапии. В исследование включали пациентов из 6 районов КПК. Активная HCV-инфекция была подтверждена в случае всех пациентов в режиме ПЦР в реальном времени. В каждом случае генотипы HCV определяли методом ПЦР типа.

Анализ показал, что из 200 ПЦР-положительных образцов; 78 (39%) были 2a, 62 (31%) были 3a, 16 (8%) были 3b, 34 (17%) были неизученными, тогда как 1a, 2b и 1b составляли 3 (1,5%), 2 (1%) и 5 (2,5%), соответственно.

Определение генотипа не проводится до терапии в КПК. Хотя распространенные типы (2a и 3a) HCV в KKK чувствительны к комбинированной терапии, но сопротивление, испытываемое у некоторых хронических пациентов с HCV, частично может быть связано с распространенностью менее распространенных резистентных генотипов (1a, 1b) HCV среди населения.

Хроническая инфекция HCV часто прогрессирует до цирроза печени и связана с повышенным риском развития гепатоцеллюлярной карциномы [1-3]. Хотя симптомы могут быть умеренными в течение десятилетий, у 20% постоянно инфицированных людей в конечном итоге могут развиться тяжелые заболевания печени, включая цирроз и рак печени [1]. На сегодняшний день по крайней мере шесть основных генотипов HCV, каждый из которых имеет несколько подтипов, были идентифицированы во всем мире [2]. Различные генотипы HCV важны в отношении эпидемиологии, разработки вакцин и клинического лечения хронической инфекции HCV [3]. Генотип HCV также был связан с устойчивым вирусологическим ответом [4]. В некоторых исследованиях сообщалось, что у пациентов с HCV-инфекциями типа 2 и типа 3 более вероятно, что они будут иметь устойчивый ответ на терапию, чем пациенты с инфекциями HCV типа 1 [5]. Устойчивый вирусологический ответ на комбинированную терапию у пациентов, инфицированных генотипами HCV-2/3 и HCV-1, составляет 65 и 30% соответственно [6,7]. Поэтому генотип HCV следует определить до начала терапии.

Генотипы HCV 1, 2 и 3, по-видимому, имеют всемирное распространение, тогда как подтипы 1a и 1b являются наиболее распространенными генотипами в Соединенных Штатах [4] и Европе [8-10]. Наиболее распространенным подтипом в Японии является подтип 1b [11]. Подтипы 2а и 2b HCV относительно распространены в Северной Америке, Европе и Японии, а подтип 2c обычно встречается в северной Италии. HCV генотип 4, по-видимому, распространен в Северной Африке и на Ближнем Востоке [12,13], а генотипы 5 и 6 встречаются в Южной Африке и Гонконге соответственно [14,15]. Генотипы HCV 7, 8 и 9 были идентифицированы только у вьетнамских пациентов [16], а генотипы 10 и 11 были выявлены у пациентов из Индонезии [17]. Существует несогласие с количеством генотипов, в которые следует классифицировать изоляты HCV, а генотипы с 7 по 11 следует рассматривать некоторыми исследователями как варианты одной и той же группы и классифицироваться как один генотип типа 6 [18,19].

В Пакистане было проведено несколько исследований, чтобы выяснить географическое распределение различных генотипов HCV [13,20,21]. В Хайбер-Пахтунхва распространенность различных генотипов HCV неизвестна. Поскольку генотипы HCV ранее были вовлечены в ответ на терапию [4], поэтому было крайне важно исследовать частотное распределение генотипов HCV в провинции Хайбер-Пахтунхва в Пакистане, где определение генотипа до терапии не является обычной практикой.

Образцы собирали у хронически инфицированных пациентов с ВГС. Ни один из пациентов, отобранных для исследования, не начал антивирусную терапию. Все пациенты должным образом подписали проформу, содержащую их демографию, предыдущую историю вирусной инфекции и т. Д. Была выделена сыворотка и экстракция РНК проводилась методом спиновой колонки (комплект для экстракции Roboscreen) в соответствии с инструкциями производителя. HCV-РНК амплифицировали с использованием реагентов и оборудования из цефеиды (Цефеид, США).

Генотипирование HCV проводили в соответствии с процедурой Ohno et al., [22]. Вкратце, HCV-РНК обратной транскрибировали кДНК с использованием 100 мкл обратной транскриптазы M-MLV при 37 ° С в течение 50 минут. Для последующей ПЦР-амплификации области 470-bp использовали 2 мкл синтезированной кДНК из некодирующей области HCV 5 ‘плюс область ядра с помощью ПЦР первого раунда. Вторичную вложенную ПЦР проводили с использованием типоспецифических праймеров для генотипов 1a, 1b, 1c, 3a, 3c, 4, 2a, 2c, 3b, 5a и 6a. Конечный продукт ПЦР подвергали электрофорезе на 2% -ном агарозном геле для отделения специфических амплифицированных фрагментов. В каждом геле проводили ДНК-лестницу длиной 100 п.о. (Invitrogen, Corp., California, USA), в качестве маркера размера ДНК и генотипа HCV для каждого образца определяли путем идентификации полосы ПЦР, специфичной для генотипа HCV.

Анализ генотипа HCV у пациентов с хроническим HCV (возраст 15-60 лет) Хайбер-Пахтунхва показал, что наиболее распространенные генотипы / подтипы среди проанализированных пациентов составляли 2a, а затем подтип 3a (таблица 1). Другие распространенные генотипы включали неизученный тип вируса и генотип 3b. Сравнительно менее распространенные генотипы были 1b, 1a и 2b (таблица 1). Основными факторами риска, связанными с инфекцией HCV, были переливание крови и стоматологическая хирургия с последующей крупной хирургией (таблица 2). История пациента показала, что у сравнительно более пациентов была история переливания крови в районах Пешавара и Мардана, в то время как история практики стоматологической хирургии была распространена в менее развитых районах Бунира. Более того, район Бунир и Пешавар имели больше случаев положительной семейной истории инфекции HCV. У исследованных лиц не было коинфекций. Было также отмечено, что общая распространенность хронического HCV больше у мужчин по сравнению с женщинами (таблица 2).

Преобладающие генотипы HCV среди пациентов с хроническим HCV-инфицированием Хайбер-Пахтунхва.

Демография пациентов с хронической HCV-инфекцией.

Распространенность ВГС в Пакистане вызывает тревогу, и из-за неудовлетворительных условий здравоохранения инфекция распространяется быстрыми темпами [20]. В Хайбер-Пахтунхва, где медицинские учреждения слабо оснащены необходимыми для скрининга и стерилизации, ВГС стал экономическим бременем для населения с значительным числом людей, живущих за чертой бедности.

Определение генотипа HCV облегчает терапевтические решения и стратегии [23,24], и сообщалось, что патогенез заболевания или ответ на терапию могут варьироваться в зависимости от типа вируса [9,25]. Определение генотипа не проводится до лечения в Хайбер-Пахтунхва, и стратегии лечения основаны исключительно на качественном или количественном вирусном выявлении. Поэтому причины вариабельных ответов в случае разных пациентов как для комбинированной терапии, так и для Пэгилированного ИФН поэтому не могут быть правильно отсортированы. Мы попытались выяснить генотипы HCV, распространенные среди населения Хайбер-Пахтунхва, чтобы повысить осведомленность практикующих о важности генотипа HCV и найти предварительный ответ на феномен резистентности, наблюдаемый здесь.

Наше исследование показало, что наиболее распространенным является генотип ВГС 2а, за которым следуют 3а и 2б (табл. 1). Распределение типов 2 и 3 считается всемирным [4], включая Пакистан [10]. Ранее сообщалось, что HCV 2a и 3a наиболее восприимчивы к комбинированной терапии [5], а хорошие показатели ответа в Хайбер-Пахтунхва могут отчасти объясняться самыми распространенными видами распространенности HCV здесь. Другие типы вируса, включая типы 1a, 1b и 2b, менее распространены среди населения (таблица 1). Генотип 1а и 1б распространен в США [4], Европе [8,9] и Японии [11]. Эти генотипы сравнительно менее чувствительны к комбинированной терапии [5], и, как сообщается, частота ответов в случае Пэгилированного ИФН варьируется от 50 до 70% [26]. В Хайбер-Пахтунхва обычная практика заключается в том, чтобы не реагировать на длительную комбинированную терапию или Пегасис. Сопротивление у некоторых пациентов может быть связано с этими менее распространенными генотипами среди населения.

Генотипы HCV среди значительного числа хронических пациентов с HCV (17%) не могли быть определены с помощью анализа, используемого в этом исследовании. Ранее неизвестные генотипы сообщались другими исследованиями, проведенными в Пакистане [23]. Секвенирование непищевых генотипов необходимо не только по академическим причинам, но и для будущих направлений лечения.

В этом исследовании делается вывод о том, что наиболее распространенными типами HCV среди хронических пациентов с HCV в провинции Хайбер-Пахтунхва в Пакистане являются HCV типа 2a, 3a и 3b. Хотя эти обильные типы реагируют на комбинированную терапию и Пегасис, однако следует принять правильные стратегии диагностики и лечения, чтобы свести к минимуму экономическое бремя для населения и предотвратить людей от лишнего стресса от последовательных методов лечения.

Авторы заявляют, что у них нет конкурирующих интересов.

SA (научный сотрудник) провела выборочную и экспериментальную работу, BA контролировала исследовательскую работу, проводимую SA, и разработала экспериментальную работу и подготовку рукописи с помощью IA (Co-supervisor). SA помогла в пересмотре рукописей и исправлениях, подготовленных исследователем. Окончательная рукопись одобрена всеми авторами после критического рассмотрения ее.



Источник: rupubmed.com


Добавить комментарий